Avec une superficie de 1O,68 km2, il représente la plus grande zone humide au sud du fleuve Saint-Laurent. Le marais abrite une grande diversité d’espèces fauniques et végétales, dont certaines espèces à statut précaire telles le pygargue (aigle) à tête blanche. Tout en étant une halte migratoire importante pour la sauvagine et un site de fraie essentiel pour de nombreux poissons, il joue aussi un rôle de premier plan pour la santé du lac Mégantic en agissant comme un filtre et une éponge naturels.

La valeur écologique exceptionnelle du marais et la nécessité de le protéger ont été reconnues en 2O14 par la création de la Réserve naturelle du Marais-du-Lac-Mégantic sur O,86 km2 puis, en 2O17, par l’adoption du statut de protection stricte sur 6,68 km2 en territoire public.